Sino alle soglie del Rinascimento la farmacia costituì un insieme di pratiche empiriche che erano parte integrante ma secondaria della medicina. Grazie a Paracelso (1493-1541) la farmacia fu messa in stretta relazione con l'alchimia e quest'ultima fu connotata come colonna della medicina che aveva essenzialmente il compito di preparare medicine di origine minerale. Nel corso del Rinascimento e della prima età moderna la farmacia cominciò ad essere più salda nei suoi metodi e accrebbe il catalogo delle sostanze utilizzate per la terapia sia di origine vegetale sia di origine minerale. La iatrochimica o chimica medica favorì decisamente i progressi della farmaceutica e il chimico moderno si configurò socialmente e professionalmente come farmacista. La chimica farmaceutica conobbe una grande fortuna in ambito francese e il farmacista Nicolas Lémery (1645-1715) portò contributi di valore allo sviluppo della chimica e nella preparazione dei medicinali. Con la fondazione nel 1777 a Parigi del Collège de Pharmacie si sanzionò la nascita del farmacista professionista e il superamento della figura, spesso ambigua, dello speziale. Tra Sette e Ottocento cominciarono a comparire riviste specificamente dedicate alla ricerca farmaceutica come il Journal der Pharmacie (1793-1834) diretto da Johann Bartholomäus Trommsdorff (1770-1837).