Studiò astronomia a Padova sotto la guida di Simon Mayr (1573-1624). Entrò in conflitto con Galileo (1564-1642) in due diverse occasioni. Il primo scontro fu suscitato dall'osservazione della Nuova Stella del 1604. Il Capra contraddisse infatti in un breve opuscolo a stampa del 1605 le tesi sostenute da Galileo in tre lezioni sulla stella tenute all'Università di Padova. La seconda occasione di conflitto fu offerta dal palese plagio del compasso di proporzione galileiano tentato dal Capra nell'Usus et fabrica circini cuiusdam proportionis, pubblicato a Padova nel 1607.