Il cosiddetto "banco chimico" faceva parte del laboratorio privato che il granduca si fece allestire nella propria residenza e che, lasciando Firenze nel 1790, passò al Museo di Fisica e Storia Naturale. Come altri oggetti del Museo Galileo, il banco fu gravemente danneggiato dall'alluvione del 1966 e alcuni pezzi andarono irrimediabilmente perduti. Rimangono tuttavia numerosi vasetti contenenti sostanze e preparati, alcuni con etichette scritte direttamente dal granduca. Di particolare pregio ed eleganza sono i mortai di avorio, il calamaio e il candelabro, le tenaglie e le molle. Tra gli oggetti che facevano parte delle suppellettili del banco, uno è particolarmente curioso: il fosforo che lo stesso Pietro Leopoldo aveva estratto dall'urina dei soldati acquartierati al Forte di Belvedere.