Fondato nel 1859 durante il governo provvisorio di Bettino Ricasoli (1809-1880), quando ormai i Lorena avevano lasciato la Toscana, l'Istituto di Studi Superiori Pratici e di Perfezionamento di Firenze ereditava e proseguiva l'attività del Liceo di Scienze Fisiche e Naturali, istituito nel 1807. Le finalità dell'Istituto, come chiaramente indicava il nome, erano da un lato il perfezionamento per coloro che avevano terminato gli studi universitari e dall'altro la ricerca scientifica di base. L'Istituto si proponeva anche di favorire la collaborazione e gli scambi fra gli studi scientifici e quelli umanistici. Era composto da tre sezioni: Medicina e Chirurgia, Scienze Naturali, Filosofia e Filologia. Inizialmente fu istituita anche una sezione di Scienze Giuridiche, che tuttavia ebbe breve durata. Nel 1872 fu approvata dal Parlamento Nazionale una convenzione che ne consentiva la riorganizzazione e l'ampliamento, in modo da assumere sempre più una fisionomia universitaria. Negli anni seguenti le sezioni vennero progressivamente configurandosi come vere e proprie Facoltà. Nel 1923, l'Istituto fu trasformato nell'Università degli Studi di Firenze.